Yên Thịnh được thành lập ngày 7/6/1997, khi thành lập thị trấn Yên Thịnh có 155,52 ha diện tích tự nhiên và 4.123 nhân khẩu.

Ngày 28/11/12 Chính phủ Việt Nam ban hành[2] nghị quyết mở rộng địa giới hành chính thị trấn Yên Thịnh, điều chỉnh nguyên trạng toàn bộ 397,97 ha diện tích tự nhiên, 3.288 nhân khẩu của xã Yên Phú và 159,76 ha diện tích tự nhiên, 1.233 nhân khẩu của xã Khánh Thịnh về thị trấn Yên Thịnh quản lý. Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, thị trấn Yên Thịnh có 763,34 ha diện tích tự nhiên và 8.050 nhân khẩu.